DOCTORAT DISPONIBLE EN ÉCOLOGIE ET GÉNOMIQUE, UNIVERSITÉ LAVAL, QUÉBEC (CANADA)
Caribou Ungava (www.caribou-ungava.ca) est un vaste programme de recherche portant sur l’écologie des populations de caribous migrateurs et les espèces associées dans un contexte de changements climatiques et anthropiques. Les travaux de ce programme visent à identifier les facteurs influençant les variations de l’abondance des populations des deux grands troupeaux de caribous migrateurs du nord du Québec et du Labrador qui ont récemment connu un déclin drastique. Dans ce contexte, nous sommes à la recherche d’un(e) étudiant(e) doctoral(e) intéressé(e) à s’impliquer dans un projet sur le microbiote des caribous, boeufs musqués et orignaux. Ce projet de recherche vise à mieux comprendre les facteurs biotiques et abiotiques qui sous-tendent l’homéostasie de l’interaction entre l’ongulé et la communauté de ses symbiotes microbiens (microbiotes).
Microbiote, némabiote et santé des caribous et autres ongulés nordiques
Problématique: Dans les régions nordiques, les changements environnementaux modifient les systèmes biologiques, ce qui suscite des inquiétudes croissantes quant à la santé et à la persistance de nombreuses populations ou espèces. La performance des animaux peut être affectée par des changements dans le réseau d’interactions entre organismes. Le caribou, le boeuf musqué et l’orignal présentent des évolutions démographiques contrastées, soit en expansion localement (boeuf musqué, orignal) ou en déclin (caribou). Les communautés microbiennes symbiotiques associées aux animaux (microbiotes) exercent une grande influence sur la santé de leurs hôtes et, par conséquent, sur la dynamique de leurs populations. Les nématodes intestinaux peuvent également altérer la composition du microbiote (p. ex. diversité, dysbiose), ce qui se répercute sur la santé de l’hôte. Il est donc essentiel de quantifier l’influence des facteurs environnementaux (régime alimentaire) et internes (némabiote, génotype, condition physique) sur les changements du microbiote des populations. L’étude de la santé des populations d’ongulés nordiques doit ainsi considérer la composition du régime alimentaire dans une interaction régime alimentaire - microbiote - némabiote.
Objectifs : Évaluer comment l’interaction régime alimentaire - microbiote - némabiote affecte la condition physique et la dynamique des populations de trois espèces d’ongulés (caribou, boeuf musqué, orignal). Nous testerons dans quelle mesure l’espèce, le sexe et la classe d’âge des individus ainsi que la trajectoire démographique de la population influencent la composition du microbiote et du némabiote. Nous prédisons que la diversité des plantes consommées influence positivement la composition du microbiote, qui en retour influence la composition du némabiote.
Approche : Nous baserons notre analyse sur le suivi de caribous migrateurs (n=100), de caribous forestiers (n=100), d’orignaux (n~80), et de boeufs musqués (n~150) capturés entre 2017 et 2024. Nous analyserons le microbiote (frottis buccal), le némabiote (fèces) et le régime alimentaire (fèces) pour toutes les espèces ainsi que le génotype multi-loci (biopsie de l’oreille) des caribous. La composition taxonomique du microbiote, du némabiote, et du régime alimentaire sera caractérisée avec une approche de code-barres moléculaire (i.e. métataxonomie). La diversité génétique des hôtes (caribou seulement) sera documentée à l’aide d’une puce à ADN récemment développée pour le caribou. La masse sera utilisée comme mesure de la condition physique pour tous les animaux.
Directeur : Nicolas Derome (Département de biologie, U. Laval)
Co-directeur : Claude Robert (Faculté des Sciences de l’agriculture et de l’alimentation, U. Laval)
Collaborateurs : Joelle Taillon (MELCCFP), Glenn Yannic (U. Savoie), Steeve Côté (U. Laval)
Début : entre mai et septembre 2024.
Financement : Bourse de 21 000$/an pendant 4 ans.
Compétences recherchées :
- MSc en biologie, biochimie, microbiologie ou discipline connexe;
- Être rigoureux, autonome et avoir des aptitudes pour l’écriture scientifique;
- Avoir déjà publié un article scientifique comme premier auteur dans une revue avec comité de lecture;
Posséder des aptitudes en analyses génomiques, métataxonomie (e.g. métataxonomie ARNr 16S), ou dans l’environnement R sera considéré comme un atout.
Pour poser votre candidature, veuillez faire parvenir avant le 31/01/2024 une lettre de présentation expliquant brièvement vos intérêts, un CV et une copie de vos relevés de notes universitaires, accompagnés des coordonnées de trois références à :
Nicolas Derome, Département de biologie, Université Laval, Québec (Québec) Canada