Projet de doctorat en écologie végétale – Comparaison d’approches pour l’évaluation de la restauration écologique des milieux riverains forestiers

Description du projet : La plantation d’arbres est une technique couramment employée pour restaurer les milieux riverains en paysages agricoles à l’échelle mondiale. Les processus écologiques favorisant le succès de restauration des communautés végétales riveraines restent toutefois méconnus. Ce projet s’appuiera sur un été d’inventaires botaniques en milieu riverain qui seront comparés à des inventaires réalisés dans les mêmes sites en 2011 afin de déterminer les mécanismes de succession végétale régissant le rétablissement de communautés forestières par des approches taxonomiques et basées sur les traits fonctionnels des plantes. Une méta-analyse fondée sur une base de données déjà disponible de plusieurs centaines d’articles est également prévue afin d’évaluer
les perspectives de recherche pertinentes pour optimiser la restauration et la gestion durable des communautés végétales riveraines.

Directeur de recherche : Pr Bérenger Bourgeois, Département de Phytologie, Université Laval (Google Scholar)
Co-directrice de recherche : Pre Monique Poulin, Département de Phytologie, Université Laval (ResearchGate)
Collaboration internationale : Dr Eduardo González, Department of Biology, Colorado State University (Google Scholar, ResearchGate)

Début du projet : septembre 2022

Compétences souhaitées :

  • Maîtrise en écologie, en biologie ou dans toute autre discipline connexe jugée pertinente
  • Intérêt pour la botanique, l’écologie des communautés végétales et la restauration écologique
  • Aptitudes ou fort intérêt en biostatistiques, en analyse de données et en rédaction scientifique
  • Goût pour le travail de terrain
  • Une première expérience en recherche scientifique constitue un atout

Bourse : 21 000$/an pour 3 ans. Les étudiants sont encouragés à présenter des demandes de bourses.

Références utiles :
González E., Felipe-Lucia M.R., Bourgeois B., Boz B., Nilsson C., Palmer G., Sher A.A. 2017. Integrative conservation of riparian zones. Biological
Conservation 211B, 20-29.
Bourgeois B., Vanasse A., González E., Andersen R. and Poulin M. 2016. Threshold dynamics in plant succession after tree planting in agricultural
riparian zones. Journal of Applied Ecology 53, 1704-1713.
Bourgeois B., González E., Vanasse A., Aubin I. and Poulin M. 2016. Spatial processes structuring riparian plant communities in agroecosystems:
implications for restoration. Ecological Applications 26, 2103-2115.
Bourgeois B., Vanasse A., Rivest D., Poulin M. 2016. Establishment success of trees planted in riparian buffer zones along an agricultural intensification
gradient. Agriculture, Ecosystems & Environment 222, 60-66.

Pour déposer votre candidature, veuillez faire parvenir une lettre de présentation expliquant vos intérêts, un CV et
une copie de vos relevés de notes universitaires accompagnés des coordonnées de trois références
avant le 30 juin 2022 à Bérenger Bourgeois à l’adresse berenger.bourgeois.1@ulaval.ca

Prévoir la composition des peuplements après une coupe dans un contexte de changements globaux

Projet de doctorat : Une bourse de 4 ans est disponible à l’Université du Québec à Rimouski (Rimouski, Qc). La personne retenue doit avoir l’ambition d’approfondir les connaissances sur la dynamique des forêts, notamment à l’aide de la télédétection et de la modélisation. Le concours sera ouvert jusqu’à ce que la bonne candidature soit retenue.

Mise en contexte : La composition des forêts de l’Est-du-Québec a été grandement modifiée au cours du dernier siècle, principalement due aux perturbations anthropiques. La dynamique de la régénération après perturbation totale ou partielle demeure une importante source d’inconnues ; une meilleure compréhension de la dynamique initiale après perturbation est nécessaire au développement d’outils sylvicoles qui répondent aux besoins actuels et futurs. Bien que des simulateurs comme SUCCES-2009 existent pour évaluer la composition après une coupe, il reste encore plusieurs éléments à préciser comme les liens entre l’état de la végétation avant et après coupe dans le contexte de changements globaux.

Description : Sous la direction de Robert Schneider, la personne retenue travaillera au développement d’outils permettant de prévoir la régénération d’un bloc de coupe (quantité et répartition spatiale), à partir des informations biophysiques comme la composition avant la récolte, la position dans le paysage et la forêt avoisinante. La personne devra aussi utiliser des outils de télédétection pour estimer la régénération naturelle, et sa répartition dans le parterre de coupe. Une bourse de 21 000 $/an pour 4 ans est prévue. La personne sera codirigée par Emmanuel Duchateau (Ministère de la Forêt, de la Faune et des Parcs) et collaborera avec Luc Sirois (Université du Québec à Rimouski).

Profil recherché :

  • Maitrise en sciences forestières, biologie, ou en sciences environnementales
  • Expérience avec le logiciel R un atout
  • Bonne capacité à rédiger, et prête à travailler dans un environnement francophone

Les personnes intéressées doivent envoyer une lettre de motivation, un curriculum vitae et les noms de 2 références à :

Robert Schneider
Professeur en aménagement et sylviculture
Université du Québec à Rimouski
robert_schneider@uqar.ca

BIOSCAN: Transforming Biodiversity Science – 20 postdoctoral fellowships, 5 graduate studentships

The International Barcode of Life Consortium (iBOL) is coordinating a series of research programs that will
register all multicellular species and activate a global biosurveillance system within 25 years. BIOSCAN, its
current program, is an 8-year, $180 million effort involving organizations in 40 nations. Its scientific work
focuses on three major themes – species discovery, interactions, and dynamics. This work will be advanced
by exploiting the latest developments in DNA sequencing, AI, data science, and machine learning. This
scientific work will support important applications designed to improve the sustainability of agriculture,
forestry, and mining. Furthermore, BIOSCAN aims to ensure its science influences society through policy
change. Further details are available at: https://ibol.org/programs/bioscan/
Because BIOSCAN’s activities are rapidly expanding in Canada and internationally, this is the perfect time
to join an enterprise that will transform our understanding of biodiversity and our capacity to manage it.

We seek 25 early career researchers (ECRs) to join us in leading Canada’s contribution to BIOSCAN.
• 20 postdoctoral fellows (2- or 3-year appointments).
• 5 graduate students (MSc/PhD level).

Click here for more information.

Offre de maîtrise pour projet collaboratif sur le microbiote des bonsaïs et penjings au Jardin Botanique de Montréal

Le labo Lajoie à l’Université de Montréal (QC, Canada) est à la recherche d’un.e étudiant.e de maîtrise pour un projet de recherche unique sur le microbiome des bonsaïs et penjings au Jardin Botanique de Montréal. Ce projet s’effectuera en collaboration avec la Division d’Horticulture de la Ville de Montréal. Le poste débuterait en septembre 2022 et serait financé à hauteur de 15 000$/année pour 2 ans.

Ce poste permettra à l’étudiant.e sélectionné.e de:

  • contribuer à la connaissance scientifique sur les bactéries et les champignons associés aux arbres miniatures
  • développer des compétences de pointe en écologie microbienne, biologie moléculaire et bio-informatique
  • collaborer avec une équipe de professionnels de l’horticulture au Jardin Botanique de Montréal et prendre part à la communauté dynamique d’étudiant.es, professeur.es et professionnel.les de l’IRBV/UdeM

Les candidat.es intéressés par la recherche en botanique, écologie et/ou microbiologie ainsi que par l’utilisation du metabarcoding pour l’étude de la biodiversité sont encouragé.es à appliquer !

La motivation des candidat.es à poursuivre des études de maîtrise dans ce domaine d’études ainsi que leur intérêt et capacité à conduire leur recherche de façon consciencieuse seront particulièrement valorisés. Un B.Sc. dans un sujet connexe est requis pour appliquer. Un bon dossier académique, et la connaissance de l’anglais comme langue écrite seront considérés comme des atouts.

Les candidat.es provenant de groupes sous-représentés dans le milieu de la recherche sont particulièrement encouragé.es à appliquer.


Intéressé.e ?

Envoyez votre CV, une lettre de motivation présentant vos intérêts et votre expérience en recherche et les coordonnées de 2 références à Geneviève Lajoie (genevieve.lajoie@umontreal.ca) avant le 28 mars 2022.

Call for applications, MSc project on microbial community dynamics

Predicting microbial community dynamics in subsurface aquifer ecosystems

Microbial communities are dynamic ecosystems, constantly shifting in terms of diversity, structure and function, as a response to environmental fluctuations and to species interactions. However, we still lack a good understanding of how key functions of microbial ecosystem are maintained under such fluctuations. We are inviting applications from students interested in combining ecological models with sequence data from microbial DNA in aquifer systems to predict microbial community dynamics in fluctuating environmental conditions.

Aquifers are composed of groundwater flowing through particles and rocks, containing a vast diversity of microbial populations either living in the water, or attached to the rock surfaces. As water seeps from the surface (originating from rainfall or snowmelt), it brings new microbes and nutrients with it to the underground layers. Thus, aquifer ecosystems are faced with fluctuating water, nutrient, carbon and oxygen availability, and impacted by changing physico-chemical, geochemical and geological conditions. These fluctuations impact microbial community dynamics by shaping networks of microbial species interactions whether they are positive (mutualism), or negative (competition, predation, parasitism). The research will involve combining sequence data already obtained from microbial DNA in aquifer systems in Quebec with dynamic models of microbial species interactions including facilitation and competition for resources. The goal will be to predict dynamic relationships between aquifer microbial community structure and ecosystem functions under fluctuating environments.

The successful candidate will be co-supervised by prof. Cassandre Lazar (Université du Québec à Montréal) and prof. Frederic Guichard (McGill University) and benefit from a stimulating research and training environment at both institutions located downtown Montreal. We encourage applications at the MSc level but students interested in a PhD are also welcome to apply. We also encourage applications from candidate eligible for funding from major external fellowship programs.

Please submit you application including your CV, a statement of research interests, and the contact information of 3 references to:

Cassandre Lazar : lazar.cassandre@uqam.ca, and

Frédéric Gichard: fred.guichard@mcgill.ca

OFFRE DE POSTES DE MSC ET PHD : Structures et fonctions des bryophytes à l’écotone boréal-tempéré

Nous étudions la diversité, l’assemblage, les traits fonctionnels liés aux cycles du carbone et de l’azote, la composition du microbiote, et le potentiel d’adaptation des communautés de bryophytes (principalement les mousses du sol forestier) à la marge sud de la forêt boréale, soit dans la Forêt Wabanaki-Acadienne du Nouveau-Brunswick. En utilisant des gradients naturels de composition forestière (forêt décidue à coniférienne) et d’humidité entre la côte et l’intérieur des terres, nous allons : (1) caractériser la composition, les traits fonctionnels et la biomasse des communautés de bryophytes dans les forêts d’épinettes rouges côtières et intérieures, (2) décrire la variation temporelle du microbiote des mousses et de la fixation de l’azote associée, (3) déterminer comment les bryophytes et leur microbiote interagissent sous différents types de couverts forestiers, et (4) évaluer le potentiel d’adaptation des bryophytes des zones côtières et intérieures.

Nous sommes à la recherche de candidat.e.s passionnés par l’écologie végétale et les interactions entre les plantes et leur microbiote afin de démarrer un projet de MSc et un projet de PhD à partir de l’été ou de l’automne 2022. Les postes seront basés à l’Université de Moncton (Nouveau-Brunswick) sous la supervision de la professeure Mélanie Jean (https://melaniejeanecology.weebly.com/) avec une possibilité de co-supervision par la professeure Isabelle Laforest-Lapointe à l’Université de Sherbrooke (Québec, https://www.laforestlab.ca/), 2 universités francophones. La connaissance de la langue française est obligatoire pour l’admission à l’U. de Moncton, mais pas à l’U. de Sherbrooke.

Intéressé.e.s ? Envoyez (1) une lettre d’intérêt, (2) un CV, (3) un relevé de notes non officiel et (4) les coordonnées de 3 références à Mélanie Jean (melanie.jean@umoncton.ca). L’évaluation des candidatures commencera le 1 mars 2022 et se terminera quand les postes seront comblés. Nous encourageons les personnes faisant partie de groupes sous-représentés en recherche à poser leur candidature. La bourse offerte est de 21,000$/année pour 4 ans au PhD et 17,500$/année pour 2 ans à la MSc. Nous offrons un environnement inclusif, équitable, respectueux et ouvert sur la différence.

Projet de doctorat avec bourse – Forêts, Flux Carbone-Azote et Métagénomique microbienne en plaine inondable

Un regard sur les gènes fonctionnels des microbes du sol !

Les communautés microbiennes sont à l’origine du recyclage de l’azote et du carbone organique au sein des sols et de leurs retours vers l’atmosphère et l’hydrosphère sous des formes inorganiques. Par sa présence, l’arbre offre un habitat structuré, oxygéné et durable modulant les communautés microbiennes du sol et leur efficacité à recycler le carbone et l’azote sous différentes formes avec des conséquences contrastées pour la rétroaction climatique. En zone inondable, la présence de l’arbre pourrait éviter une forte perte de méthane et de dioxyde de carbone en favorisant la méthanotrophie et l’efficience de respiration de la matière organique, ainsi que d’oxyde nitreux et de nitrate en favorisant soit l’inhibition de la nitrification soit une dénitrification complète. Pour mieux mettre en évidence ce rôle de l’arbre comme régulateur de fonctions microbiennes, le projet vise à analyser l’ADN du sol par métagénomique shotgun le long d’un gradient d’usages des terres dans la zone inondable du lac St-Pierre, où cohabitent champs cultivés, prairies permanentes et marécages.

Nous recherchons un(e) candidat(e) passionné(e) par l’écologie microbienne et la biogéochimie des cycles carbone-azote. L’étudiant(e) travaillera au sein d’une équipe d’écologues et de biologistes moléculaires répartis au Centre de Foresterie des Laurentides du Service Canadien des Forêts (Ressources Naturelles Canada) et à l’Université du Québec à Trois-Rivières sous la co-supervision de Christine Martineau (profil) et Vincent Maire (profil). Le travail se déroulera à la fois sur le terrain autour du Lac St-Pierre, reconnu comme site Ramsar (info) et au laboratoire. Les analyses bioinformatiques et statistiques seront une composante importante de ce projet. Elle ou il sera basé(e) à l’UQTR (Trois-Rivières) ou au Centre de Foresterie des Laurentides (Québec) et sera affilié(e) aux Centre d’Études Nordiques (site web) et Centre RIVE (site web).

Une bourse de 22,000 $ par an (pendant quatre ans) accompagne ce projet mais les candidats possédant déjà une bourse majeure (e.g. CRSNG, FQRNT) ou qui l’obtiendront durant la maitrise pourront recevoir d’autres bénéfices. L’étudiant(e) commencera à l’été ou à l’automne 2022.

Si cette offre vous intéresse, envoyer d’ici le 15 mars 2022 à vincent.maire@uqtr.ca les informations suivantes : (1) votre CV, (2) un relevé de notes incluant les noms des cours (il peut être non-officiel), (3) une description de vos intérêts en recherche et votre plan de carrière, et (4) les noms et courriels de 2 personnes aptes à fournir une évaluation de votre capacité à poursuivre un doctorat en recherche.

Offre de doctorat en écologie microbienne à l’Université de Montréal

Fasciné.e par le monde microbien?

Le labo Lajoie à l’Université de Montréal (QC, Canada) est à la recherche dun.e étudiant.e de doctorat intéressé à mener un projet de recherche sur la réponse du microbiote végétal à l’urbanisation. Le poste débuterait en septembre 2022 et serait financé à hauteur de 21 000$/année pour 4 ans.

Ce poste permettra à l’étudiant.e sélectionné.e de:

  • contribuer au développement de nouvelles approches de recherche pour comprendre l’assemblage du microbiote végétal à travers l’espace et le temps
  • développer des compétences de pointe en écologie microbienne, biologie moléculaire et bio-informatique
  • interagir et collaborer avec une communauté dynamique d’étudiant.es, professeur.es et professionnel.les de la biologie végétale et microbienne œuvrant au sein de l’Institut de Recherche en Biologie Végétale et du réseau BIOS2

Les candidat.es intéressés par la recherche en botanique, écologie et/ou microbiologie ainsi que par l’utilisation du metabarcoding pour l’étude de la biodiversité sont encouragé.es à appliquer !

La motivation des candidat.es à poursuivre des études doctorales dans le domaine d’études ainsi que leur intérêt et capacité à conduire leur recherche de façon consciencieuse seront particulièrement valorisés. Une M.Sc. dans un sujet connexe, un bon dossier académique, et la connaissance de l’anglais comme langue écrite seront considérés comme des atouts.

Les candidat.es provenant de groupes sous-représentés dans le milieu de la recherche sont particulièrement encouragé.es à appliquer.


Intéressé.e ?

Envoyez votre CV, une lettre de motivation présentant vos intérêts et votre expérience en recherche et les coordonnées de 2 références à Geneviève Lajoie (genevieve.lajoie@umontreal.ca) avant le 20 février 2022.

Graduate opportunities: (1) Sandhill Crane research in Ontario and Quebec (2) Avian and mammalian research in sagebrush ecosystems

The Fedy Lab of Wildlife and Molecular Ecology at the University of Waterloo is recruiting two graduate students at either the Master’s or PhD level. We have two exciting on-going projects that are described briefly below.

(1) Sandhill Crane research in Ontario and Quebec.
We are seeking an excellent student for a research project addressing important wildlife conservation issues for Sandhill Cranes. The research will be conducted in close collaboration with the Canadian Wildlife Service and contribute to on-going research investigating the ecology of Sandhill Cranes throughout Ontario and Quebec. The focus of the project will be determined in collaboration with the student but will include the analysis of GPS telemetry data and the potential to contribute to landowner surveys. The new student will work closely with a PhD student conducting movement and population analyses. There may be opportunities for field work throughout Ontario and Quebec.

(2) Avian and mammalian research in sagebrush ecosystems.
We are seeking an excellent student for a research project addressing important wildlife conservation issues for greater sage-grouse. The research will expand our on-going wildlife projects on sagebrush ecosystems in northeastern Wyoming. Spring and summer field work will be based out of Buffalo, Wyoming – at the foot of the Bighorn Mountains. The exact focus of the project will be determined in collaboration with the student, but could involve analysis of GPS telemetry data, camera trap data, or avian surveys. Students must have a strong work ethic, be able to thrive under physically challenging field situations, and must be comfortable supervising field crews in remote locations. The research will occur on public and private lands, experience interacting and working with landowners and producers is a plus.

The successful applicants will have a strong background in ecology and field-based research, excellent grades, and a passion for wildlife ecology and conservation. Students should have a background in statistics and/or a keen interest and willingness to learn sophisticated quantitative approaches to data analysis. Previous experience with statistical software such as R is preferred. The applicant should be competitive for scholarships such as NSERC and will be expected to apply for such opportunities. We, of course, welcome students who have secured external funding. Guaranteed funding is only available for domestic students.

Students will be supervised by Dr. Brad Fedy (fedylab.uwaterloo.ca) and will be integrated into our active and engaging research environment.

If interested, please email bfedy@uwaterloo.ca with subject line “Graduate Opportunities” no later than February 18, 2022. Please provide: (1) a cover letter detailing background and research interests; (2) CV including the names of 3 referees; and (3) unofficial transcripts from your previous degrees.